В статье представлен комплексный подход к имитационному моделированию сложных иерархических систем, не поддающихся полному аналитическому описанию. Разработана формальная модель иерархии в виде кортежа, включающего множество уровней, элементов, отношений взаимодействия, правил управления, операторов перехода между состояниями и внешних воздействий. Предложен модульный принцип построения имитационных моделей, где каждый уровень представляется как автономная динамическая подсистема с операторами наблюдения, что позволяет учитывать условие частичной наблюдаемости, характерное для реальных систем.Исследование демонстрирует эффективность комплекса взаимодополняющих парадигм моделирования: системно-динамических моделей для потоков между уровнями, дискретно-событийных для последовательности изменяющих состояние событий, агентных для автономных узлов с локальной политикой поведения, стохастических для вероятностных переходов и сетевых для анализа распространения влияния. Особое внимание уделено моделированию нисходящих и восходящих потоков управления через операторы трансформации и обратной связи, учитывающие задержки, искажения сигналов и агрегацию данных. Результаты подтверждают, что сложные иерархии принципиально нередуцируемы к линейным или аналитическим моделям. Выявлены эффекты, компромиссный характер устойчивости и феномен множественности локальных рациональностей. Практическая значимость работы заключается в создании методологической основы для цифровых двойников реальных систем. Перспективы связаны с развитием методов композиции парадигм моделирования и интеграцией машинного обучения для калибровки параметров.